La FR-S est livrée de série avec six coussins gonflables, y compris des coussins gonflables évolués à deux phases pour le conducteur et le passager avant, des coussins gonflables montés dans les sièges avant et des coussins gonflables latéraux en rideau. Comme toutes les Scion, la FR-S bénéficie du Système de sécurité Star, qui comprend le régulateur de traction (TRAC), le répartiteur électronique de force de freinage (EBD), le dispositif de contrôle de la stabilité du véhicule (VSC), l'assistance au freinage (BA), le système de freins antiblocage (ABS) et la technologie d'arrêt intelligent (SST).
Voici les 18 modèles Toyota, Lexus et Scion qui ont été désignés Meilleurs choix pour la sécurité cette année : Toyota Avalon, Camry, Corolla, Highlander, Prius, Prius c, Prius v, Sienna, Tundra (Crew Cab), Venza et Yaris (Hatchback 4 portes); Scion tC, xB, xD et FRS; et Lexus CT 200h, GS et RX.
L'institut américain, qui vise à déterminer la résistance aux chocs – la capacité d'un véhicule à protéger ses occupants lors d'une collision, attribue aux véhicules une cote « bon, acceptable, passable ou médiocre », suivant leur rendement lors d'essais de collisions avant et latérales à grande vitesse, lors d'essais de retournement ainsi que lors d'évaluations des sièges/appuis-tête au niveau de la protection contre les blessures cervicales lors de collisions arrière. Pour recevoir la cote Meilleur choix pour la sécurité, un véhicule doit être jugé « bon » lors des quatre tests en question.